trend 경향을 알아보려면 뭔가 순차적인 기준이 있어야한다. 시간의 흐름이라던가 ..... 그룹이 어떤 순서(순위)가 있을 때, 다음 그룹으로 갈 때 해당되는 개체의 비율에 대해서도 trend 분석을 할 수 있다. 그 분석이 Cochran-Amitage trend test 이다. 해당 포스팅은 R코드들을 개인적으로 정리하고자 작성하였습니다. ※ 혹시 잘못된 곳이 있거나 의견있으시면 알려주세요! 예를 들어 그런 것이다. 조금먹고 적당히먹고 많이먹는 그룹간 비만인 사람의 비율 같은? 먹는 양이 늘어날 수록 비만과 연관성이 있을까? 같은 2xr 의 검정을 하는 것이다. 먼저 가설 체크! $$H_0 : var.R이 1에서 5로 변함에 따라 var.C == 1의 비율이 증가 또는 감소하는 경향성? 연관성이 없다..

두 개의 continuous variable 에 대해서 trend를 확인해달라고 하셨다. 일반적으로 머리에 스쳐지나가는 trend analysis 는 시계열 or 순서가 있는 category 에서! 그게 아닌 두 개의 continuous variable에 대해서 trend라 결국 두 변수간의 correlation 이 확인하고 싶은 것 같다. 일반적으로 확인하는 Pearson correlation coefficient ($\rho$)정리! 해당 포스팅은 R코드들을 개인적으로 정리하고자 작성하였습니다. ※ 혹시 잘못된 곳이 있거나 의견있으시면 알려주세요! 일반적으로 많이 사용하는 피어슨 상관계수(Pearson correlation coefficient) 이건 간단하게 선형관계만 파악해준다. '-1~1 값을 ..

해당 포스팅은 R코드들을 개인적으로 정리하고자 작성하였습니다. ※ 혹시 잘못된 곳이 있거나 의견있으시면 알려주세요! MatchIt ! Propensity Score Matching (PSM)할 때 사용하는 패키지이다. 여기서는 사용법만. PSM은 시험군의 개체와 대조군의 개체의 성질을 매우 비슷하게 조절해주는 방법이다. RCT 하기 어렵거나 너무 아까운 registry가 있거나 할 때 사용하는데 PSM은 논문을 submit 하면 온갖 질문을 다 받는다. 점점 의심하는 사람이 많아졌다. =) 근데 요즘 마구잡이로 쏟아져 저장되는 real world data를 다루기 위해서는 필요하고 개발해야하는 방법 중에 하나인 것 같다. 방법은 1. propensity score(ps) 를 계산한다. 2. case 대상..

해당 포스팅은 R코드들을 개인적으로 정리하고자 작성하였습니다. ※ 혹시 잘못된 곳이 있거나 의견있으시면 알려주세요! ggplot 사용할 때 마다 옵션 찾아보기 힘들다. 찾아 보고 써놓은 것도 찾기 힘들다. 나만 보기 위한 옵션 정리! 쌓고 쌓고 또 쌓아보자. **bar graph를 예시로 ggplot(ratio.df, aes(x, y, fill = z)) + # 사용할 데이터와 대충의 꾸밈? x 와 y를 설정하는 것 #ggplot 은 fill 은 그래프를 채우는 색 이건 그냥 기본 팔레트로 채워진다. colour 는 테두리 색상을 나타낸다. 뭐 굳이 여기서 설정 안해도 됨 아래 나타남! geom_bar(stat = "identity", width = 0.35, color = "black") + # bar..

해당 포스팅은 R코드들을 개인적으로 정리하고자 작성하였습니다. ※ 혹시 잘못된 곳이 있거나 의견있으시면 알려주세요! require(ggplot2) ggplot(pie.ratio[pie.ratio$Group == 0,], aes(Group, ratio, fill = device)) + geom_bar(stat="identity", colour = "black") + scale_fill_manual(values = c("rosybrown1", "coral", "firebrick3")) + theme_void() + coord_polar('y',start =0) 그림그릴 데이터를 pie.ratio라는 이름으로 불러왔다. ggplot으로 pie chart 를 그리는 것은 bar를 그리고 polar로 휘어주는 것..

이것도 왜 그런지는 모르지만 어쨌든 해결은 했다... 근무중이라 대충 정리... openxlsx package 는 엑셀에 sheet 별로 dataframe을 저장할 수 있게 해주는 패키지 library(openxlsx) #work book 먼저 생성 test